Pirmą kartą Balninkų vardas (Balnike) minimas LDK Gedimino 1338 metų lapkričio 1 dienos prekybos sutartyje su Livonijos miesto magistru.

1792 m. kovo 20 d. Balninkams karalius Žygimantas Augustas suteikė Magdeburgo miesto teises, antspaudą ir herbą -šešiakampė sidabrinė žvaigždė raudoname fone.

DK priimtas 1792-03-20		LR priimtas 2006-12-07

Balninkus daug kartų siaubė karai, persekiojo nelaimės. ,,... 1375 metais magistras ir jo valdiniai suvienijo iš visų Livonijos dalių didelę kariuomenę ir šv. Agotos dieną nusiaubė šias lietuvių žemes: Tauragnus, Uteną, Balninkus..." - rašė Hermanas iš Valtbergės , ,,Livonijos kronikoje".
1708 - 1710 metais beveik visą miestelį ir artimiausius kaimus išpjovė maras. 1777 metais Balninkus sunaikino gaisras. Gaisrai ir vėliau ne kartą nuniokojo miestelį ir jo gyventojus.
1923 metais Balninkai - valsčiaus centras.
1941 metais Vokietijos ir Sovietų Sąjungos karo išvakarėse balninkiečiai, vadovaujami vietos mokytojo J. Šibailos, Steikūno ir kt. , išlaisvinę Balninkus, atsilaikė iki vokiečių atėjimo.
1949 m. įkurtas Balninkų kolūkis. Nuo 1950 metų Balninkai - kolūkio ir apylinkės centras. 1990 metais, Lietuvai atgavus nepriklausomybę, kolūkis suiro.
Dabar Balninkai - seniūnijos centras - ežerų apsuptas miestelis su bažnyčia, biblioteka, bendrosios praktikos gydytojo kabinetu, besiplečiančiu Stiklo muziejumi ir paveikslų galerija.