Molėtų kilmė nėra ištyrinėta. B.Kviklys knygoje „Mūsų Lietuva“ (II t., 42 p.) mano, kad Molėtus reikia skirti prie seniausių Lietuvos vietovių, kadaise labai garsių, bet neišaugusių. Vardas turbūt kilęs nuo žodžio „molis“ (kai kuriose tarmėse molė reiškia pievą, kitose – molėtą dirvą). Apylinkėse archeologų randami senovės dirbiniai, archeologiniai paminklai liudija žmones čia gyvenus nuo seniausių laikų. Patys Molėtai, spėjama, atsiradę apie 12 amžių, arba net ir anksčiau. Pirmą kartą istoriniuose šaltiniuose paminėti 1387-02-17 Jogailos rašte Vilniaus vyskupijai jos įsteigimo ir krikščionybės įvedimo Lietuvoje proga. Jogaila rašo: „…dovanojame amžinu ir neatšaukiamu dovanojimu tai bažnyčiai ir jos vyskupui, kuris tik bus, mūsų Tauragnų pilį su prie jos prieinančia sritimi ir Labanoro ir Molėtų kaimais“. Ilgą laiką Molėtai buvo dvaro centras, bet čia kryžiavosi svarbūs keliai, tad augo ir miestelis. 19a. pabaigoje Molėtai tapo Vilniaus gubernijos valsčiumi. 1939m. Molėtų valsčius (apie 2000 gyventojų) buvo vienas didžiausių Lietuvoje. Po II Pasaulinio karo Molėtai – rajono centras. Šiuo metu jame gyvena 7,5 tūkst. gyventojų.