Savivaldybės administracija nėra savarankiška įstaiga, ji vykdo Valstybės deleguotas funkcijas ir Savivaldybės tarybos sprendimus. 2007-2009 m. atskiras įstaigos strateginės veiklos planas nebus rengiamas. Savivaldybės administracija vadovaujasi strateginiu Molėtų rajono plėtros planu 2004 - 2010 metams ir kasmet rajono savivaldybės tarybos tvirtinamu savivaldybės biudžetu.